故事模式分两种 一个是以初代、赛文、杰克、艾斯、泰罗、雷欧唯一组的 另一个是梦比优斯的。可以按照自己的喜好来选择奥特战士。奥特曼格斗进化0加入时辰的设定，根据玩家所处的时间段，游戏的背景也会发生变化，而这些变化会在一定程度上影响怪物的战斗力。初代奥特曼：亚波人事件后，去宇宙巡逻了。如果在傍晚的情况下战斗，CPU的布莱克王和杰克会变强，如果在夜晚的情况下战斗，CPU的巴尔坦星人会变强。这种情况也会影响到故事模式。赛文奥特曼：亚波人事件后，为了对付各种各样的宇宙侵略者而去巡逻了。雷欧的故事模式里，是雷欧的训练对手。